1、普通船與集裝箱船通用的進口通關手續
(1)貨物進入保稅區(Transportation into bonded area)
卸貨后，原則上須首先運往港口保稅區或海關長指定的其它地點。辦理完通關手續、繳納進口關稅、獲得進口許可后，方可提取。貨物運入各類保稅區時，須向海關提交運入審批申請書。但若獲準在貨船艙內驗貨或駁船上驗貨時，進口申報不必在保稅區內辦理。
集裝箱貨物的大宗貨物(整箱貨)必須全部存放于集裝箱貨場(Container Yard)，小宗貨物(拼箱貨)全部存放于集裝箱集散站(Container Freight Station)。普通貨輪貨物的存放地點可由進口商自行決定。一般多臨時放置在保稅貨棚(Bonded Shed)，須長期存放時則可利用保稅倉庫。
如果進口貨物不適合或不能進入保稅區，海關也允許存放在其它指定地點，但適用關于保稅區的各項規定。
(2)進口申報
貨物運入保稅區或其它指定地點后，進口商向海關關長提交下列文件，進行關稅繳納申報。
a、《進口納稅申報單》3份
b、附件：商業發票2份(無外匯進口交1份)；包裝明細書、重量證明書；運費明細書、保險費明細書(進口價格非CIF時)；原產地證明書、商檢證明等；關稅繳納書4張1套、消費稅繳納書1套；進口審批證(須審批的商品)或事前確認書(須事前確認的商品)；其它有關法令規定的許可證、審批書等；有關的免稅文件。
若在進口申報時進口商沒有得到裝船單據和出口商簽名的商業發票，進口商須制作預開發票(Pro-forma Invoice)并簽名，得到銀行認可后提交給海關，憑此獲得進口許可并提貨。進口商獲得出口商發來的商業發票之后，經海關要求須補交。
(3)進口檢查
檢查方法按范圍有抽樣檢查、部分指定檢查、全部檢查3種，按地點分為現場檢查、駁船上檢查、貨船上檢查、檢查場檢查。進口動植物及其制品、食品等，須經過檢疫和防疫部門的檢查。
(4)進口許可
a、海關對進口申報單進行審核，必要時檢查貨物。審核申報無誤后，海關將4份關稅繳納書中的3份退回進口商，進口商到日本銀行或其代理機構(設在海關內)繳納進口稅。完稅后，進口商憑收據到海關領取進口許可書和進口審批證。
b、進口商獲得進口許可書后，將貨物從保稅區提出運至自己的倉庫。此時，進口商將海關退回的進口審批證附上進口配額證明書交給外匯銀行，外匯銀行將上述文件交日本銀行進行事后審查。按規定，進口許可書須由進口商保存3年。
2、集裝箱船貨物的通關
(1)日本港口集裝箱貨場管理員(Container Yard Operator)在貨輪入港前作為船公司的代理人向動物檢疫所或植物防疫所提交《進口動物類貨物一覽表》或《植物類貨物一覽表》。貨輪入港后，須馬上向海關提交貨物清單(Cargo Manifest)、卸貨申請、集裝箱清單(Container List)等。
(2)通關場所
集裝箱貨物的進口通關地點可以是集裝箱貨場、碼頭保稅堆貨場甚至內陸倉庫。
a、集裝箱貨場通關
進口商在集裝箱卸貨場辦完通關手續，獲得進口許可并提走貨物。海關將進口商提交的文件和進口商品進行對照檢查，確認與申報和納稅相符后，在所收納稅申報單上蓋章并退還進口商。進口商憑此到日本銀行的代理機構等指定地點繳納關稅，憑稅金收據到海關取得進口許可，提走貨物。
b、碼頭保稅堆貨場通關
集裝箱自船上卸至集裝箱貨場后，運入進口商的專用保稅堆貨場，然后按通常方式辦理進口通關手續，但費用較高、手續較復雜。
c、內陸倉庫通關
進口貨物卸下后直接運往保稅倉庫，辦理通關手續。這是一種特殊通關方式，一般并不采用。由于貨物在日本內地運輸途中尚未完成進口申報，屬于保稅運輸，因此采用此方式通關的進口商須事先向海關提交《外國貨物運送申報書》。
